大豆球蛋白分子聚合度在2000左右。其中有12个亚单位，每一亚单位也是一个球状多缩氨酸分子链。这些亚单位中，呈酸性的亚单位(分离后带羧基)共有六种，命名为AS亚单位;呈碱性的亚单位(分离后带醇基)有4种，命名为BS亚单位。每种AS亚单位与另一种BS亚单位结合成为一种中间亚单位，即AS-BS，命名为中间亚单位IS。这些中间亚单位IS共有6种(6种AS中的每一个对应4种BS中的特定的一个)。酸性亚单位的分子量为30000～34000。碱性亚单位的分子量为20000～28000。中间亚单位的分子量为53000～58000，中间亚单位球体呈直径2.2nm，长约7.5nm的圆柱形。
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