上位基因（epistatic gene）指的是一对等位基因受到另一对等位基因的制约，并随着后者不同前者的表型有所差异。这一现象称为上位效应(epistasis)。起遮盖作用的基因如果是显性基因，称为上位显性基因。这种基因互作称为显性上位作用(dominant epistasis)。例如，影响狗毛色的显性白皮基因（I）对显性黑皮基因（B）有上位显性作用。在两对互作基因中，其中一对的隐性基因对另一对基因起上位作用。称为隐性上位作用(epistatic recessiveness)。例如，玉米(Zea mays)胚乳蛋白质层颜色的遗传。
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